直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
直肠炎平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而，致肠道功能紊乱。治疗主要通过适当休息，进食清淡、营养丰富、刺激性少的食物，并得心情愉快，劳逸结合。
造成直肠炎的原因有慢性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
治疗直肠炎，首先要注意脂肪和膳食纤维低的食物。因为患有直肠炎往往伴有脂肪吸收不良现象，严重者伴有脂肪泻。吃含脂肪太多的食物，除不易消化外，其滑肠作用常会使腹泻症状加重。请到医院做详细检查，在医生的指导下悉心治疗，早日康复。
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、慢性非特异性结肠炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。饮食不慎、过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。
可以口服调理胃肠道的药物以及抗生素治疗，同时使用相关药膏进行外塞，一起治疗效果会比较好。在治疗期间不要吃重口味上火的食物。要注意清淡的饮食，要多喝水，多吃蔬菜水果以及蜂蜜，多吃玉米，海带，红薯等。