精子畸形，生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，内分泌异常所致者，可调理内分泌功能调整，对病人应考虑手术治疗。要有规律地进行活动和锻炼，避免劳累，保持情绪稳定，避免情绪激动和紧张。保持大便通畅，避免用力大便，多食水果及高纤维素食物。避免寒冷刺激，注意保暖。
通过中西医结合治疗，将导致精子畸形的病原，如泌尿生殖系统感染、内分泌紊乱、泌尿生殖道感染、药物因素、环境因素等开展针对性治疗，采用中西医分型疗法对神经、内分泌全面调理，让畸形精子比例大幅下降，同时促进精子的生成，更改善其生存环境，提高精子质量和数量。
男性的精子畸形率较高，导致正常受精的精子比较少，就会影响生育。正常人的精液中也是含有畸形的精子的，一般比例少于30%，如果畸形精子的所占的百分比高于50%就成为高畸形率精子，就会影响男性的生育。需要查清导致畸形精子率升高的原因，对症治疗才能达到理想效果。
需要进行检查一下，根据检查结果来决定治疗方案进行治疗，怀孕是需要各方面条件都合适，才可以，比如月经正常，排卵正常，输卵管通畅，男方精液质量正常如果男方精液质量不好，会影响受孕的，需要用药调理，改善精液质量，同时戒烟戒酒，避免接触有害的化学物质，射线等。
针对畸形精子症，应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗感染治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
精子畸形治疗办法，针对治疗：由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，考虑手术治疗。夫妻间人工授精：使用裴尔科密度梯度离心法，对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，再进行人工授精。