如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
卵巢囊肿治疗费用，大约是在100元-3000元左右。如果卵巢囊肿小于5公分，此时要选择药物进行保守治疗，费用大约是在100元-500元之间。如果卵巢囊肿大于5公分，就要通过手术进行治疗，费用大约是在3000元左右。所以卵巢囊肿患者要尽快得到医院找专业的医生，结合具体的病情，选择合适的治疗方法。在接受治疗期间，患者要积极的配合医生，要严格的遵医嘱，而且患者也要养成健康的作息规律，不要熬夜，同时要保持一个平稳的心情，情绪不要起伏过大，这样有利于病情恢复。
妇科专家认为，卵巢囊肿这种与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关的囊肿，单靠西医药物控制治标不治本；手术切除有50%以上的复发情况，中医治疗目前认为是比较可靠的治疗方法、无毒副作用、不易复发，但缺点是疗程长。
不同地区的经济条件存在差异导致不同地区的费用不同，大部分为二百元左右，但是有些经济相对发达的地区费用相对要高一些，经济相对落后的地区费用就要低一些，但是不会有太大的差异。
卵巢囊肿切除手术在5000元-10000元左右，主要根据选择的手术方式来决定。卵巢囊肿切除手术有开腹和腹腔镜手术两种，如果采用的是开腹手术，手术费在5000元左右，再加上术前检查和术后治疗，总的费用在7000元左右；如果是腹腔镜手术，因为是微创手术，采用的设备不同，对医生的要求也更高，费用相对会高一点，一般需要一万元左右，一般囊肿切除后，还需要进行一个病理检查，来确定囊肿的类型，是否存在恶性病变的可能，费用一般在300元左右。
腹腔镜下卵巢囊肿手术是一种微创手术，具有手术时间短、术后恢复快的特点。卵巢囊肿腹腔镜手术，费用大约需要一万多左右。由于医院的级别不同，手术收费的标准也不相同，相对来说，三级甲等医院的收费标准比二级甲等医院的收费标准高一些。此外，卵巢囊肿腹腔镜手术术后如果没有合并症的存在，就需要一万多左右，但如果出现其他的合并症或者是并发症，比如术中容易粘连，导致输卵管或者是膀胱的损伤或者其他脏器损伤，手术的费用会相应的增加大概2万左右。建议患者在手术前及时的了解情况，与医生做好沟通。