巧克力囊肿如果不积极治疗，可能发生巧囊破裂，类似急腹症，逼迫病患急诊就诊。因此建议病患检查确诊巧囊及时治疗。巧囊有药物治疗和手术治疗两种方法，对于较大的巧囊药物治疗效果不好，而手术治疗可以祛除病灶的同事尽可能的保留卵巢功能。建议选择甲三级正规专业的医院，治疗效果有保证，更安全。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。
巧克力囊肿病人妇科检查时常可触及一侧或两侧输卵管增粗或肿块。质实兼有囊性感，呈腊肠样或形状不规则，有轻触痛，活动常受限。排液后肿块缩小。液体积聚后又复增大。去正规专业的医院进行检查和治疗。平时少吃油腻，生冷，辛辣的食物，浓茶，咖啡也少喝，多吃清淡食物，多吃蔬菜水果，不要熬夜，坚持做做小运动。
术后要注意休息，加强营养，多吃富含蛋白质和维生素丰富的食物，有利于身体的恢复和伤口的愈合，少吃生冷，寒凉，辛辣有刺激性的食物。术后定期复查。平时要注意休息，多喝热水。
卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。