肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
肛周脓肿必须及时做手术，否则很容易形成肛瘘，简单肛瘘拖延下去很容易形成复杂肛瘘，增加手术的复杂性和痛苦，而且手术的质量与医生的技术和经验有很大关系，建议还是及时到正规的肛肠专科医院检查确诊，然后对症治疗，不可轻信广告或偏方等。
肛周脓肿的日常护理，平时保持肛门周围清洁，可坐浴。每次排便后用温水清洗肛门并烘干。尽量少坐多站，避免便秘，排便要有规律。肛周脓肿病人饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。进行提肛训练，在意念指导下使肛门一松一紧，每次5分钟，每日2次。
肛周脓肿是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿；临床上以大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌和绿脓杆菌，偶有厌氧性细菌和结核杆菌等病菌较常见。肛周脓肿是容易复发的，手术后只有找到内口后就可以治疗了，肛周脓肿反复的发作就可以找到内口，找到内口后切开就可以不用治疗了，以后就不会复发了。
可以现在行肛瘘切开引流手术，治疗渗液的问题，也可以待瘘管疤痕化形成后形肛瘘再手术。手术是治好的好办法，浅表瘘可以用切开法。较深可以用挂线法。肛周脓肿，无痛，并有脓液由肛门流出，认为是较浅表的肛周脓肿。同时已形成肛瘘。
少数肛周脓肿药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。平时应该注意不吃辛辣刺激，注意局部卫生，饮食以清淡易消化为主，禁食辛辣刺。激性油腻食物，适当补充营养。