新生儿发烧39度严重，这种情况可能会引起新生儿明显的脱水，处理时首先需要给新生儿退热，另外需要明确发烧的原因，最常见的就是感染的可能，这种情况下查血的炎性指标会升高，需要抗感染治疗。另外排除感染因素外，常见的原因就是捂热综合症，这个和新生儿喂养的量不足有很大的关系，需要及时给新生儿补充液体或者及时合理喂养。
新生儿发烧要重视，考虑是感染，一般有呕吐、拒奶、精神差等表现，要立即医院就诊，大部分要住院做腰穿、胸片等排除败血症、颅内感染、新生儿肺炎等，3个月以下孩子发热不能放松警惕。新生儿期发热，父母要去医院就诊。
新生儿发烧可以通过物理降温、使用药物等方法进行处理。
新生儿的正常体温范围是36.0-37.4摄氏度之间，如果体温超过37.4摄氏度，一般意味着新生儿发烧，通常建议使用物理降温的方法进行处理，即用温水帕子擦洗新生儿的身体，或者适当使用毛巾冷敷新生儿的额头；但如果新生儿持续发烧，需要到医院就诊，然后按医嘱使用药物进行治疗，比如头孢类、青霉素类等。
一般情况下，新生儿发烧可以采用以下方式进行治疗：
新生儿发烧，需要确定是否为炎性发热所致。可以在新生儿额头、耳根、脖颈、手心、脚心等处使用热水擦拭，避免使用酒精擦洗，有助于身体热量的散发，从而起到物理降温的作用。及时补充水分，有助于促进体内的血液流通，促进排泄。必要时可以遵医嘱使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂等药物进行治疗。
通常情况下，新生儿发烧38度是否严重取决于具体分情况。
如果新生儿发热38℃，是由于急性上呼吸道感染引起的，精神状态比较好，仅有鼻塞、流涕等症状，一般不严重；
如果孩子发热38℃，体温不是特别高，但是精神状态比较差，吃奶也不好，玩耍也不好，这种情况常是由于重症感染，比如脓毒血症、化脓性脑膜炎等严重疾病引起的，一般比较严重，建议家长带孩子去医院检查，明确病因，然后对症进行治疗。
新生儿发烧可以通过温水擦拭身体的方式进行降温，如果发烧高于38.5℃就需要通过服用退烧药物的方式治疗。
新生儿发烧有可能是受凉导致的，还有可能是病毒感染引起的，如果退烧药物没有起到明显的治疗效果或出现了反复发烧的情况，就需要及时去医院的发烧门诊检查。
在发烧期间也可以给孩子多喝些温开水，具有缓解的作用。