有偏瘫失语健忘、精神障碍等后遗症随着阿昔洛韦等一些新的抗病毒药物的推出目前只要治疗及时一般均能治好。但治疗不及时或治疗不当。仍可有后遗症在半年甚至数年后经过综合治疗仍能逐渐恢复。
脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
病毒性脑炎后遗症主要表现有：语言表达能力下降严重者不能说话、视神经不正常、耳朵听不到外界声音、癫痫等神经系统损害、流涎等自主神经功能失调。细菌性脑膜炎严重后遗症包括：意识障碍、双侧听力丧失、运动障碍、癫痫、视力障碍、脑积水；较轻后遗症，包括行为问题、学习困难、单侧听力丧失、肌张力减低、复视。
主要是症状如发热,全身酸痛,头晕头痛,脑膜刺激症,有时可有喷射性呕吐,严重者有意识障碍如嗜睡,昏迷等,属于较严重的病症。脑炎是一种娇嫩的脑膜或脑脊膜被感染的疾病。
手术治疗：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗中占有重要的地位。在各种非手术治疗无效时,手术就成为重要手段。心理治疗：受病情影响，严重影响病情治疗，所以心理治疗很重要。
小孩患有脑炎后遗症的原因是，怀孕的母亲曾经患有感染、饮食不当、吸烟或者滥用药物及饮酒都会导致产前损伤。使用某些药物或过量酒精摄入，缺乏睡眠、应激、或激素改变。