肛瘘的发病很复杂，现在机理不明确，临床上主要以肛腺的感染为主，肛腺长在肛门内，一般看不到，而且肛腺它的作用，跟腮腺的作用是一样，会分泌一些液体软化大便，肛腺口张开细菌进去以后就容易造成感染。这种感染首先表现的是肛周脓肿，就是肛门周围起疖子，但是大部分离肛门近的疖子，基本上都考虑是由肛周感染而来，必须要手术。
中医是可以治好肛瘘的，肛瘘的挂线疗法，也就是中医的一个治疗方法，平时也要注意形成便秘，以免加重肛瘘的发生，要采用口服抗生素来进行治疗，加强营养，高蛋白饮食，多吃维生素含量比较高的食品，多吃新鲜的水果蔬菜在治疗期间一般是要多休息，多喝水。
得了肛瘘，必须通过手术治疗，肛瘘的手术一般都是以挂线手术为主，有高位的和低位的，肛瘘的手术，也有复发的，这是需要术后积极治疗和观察的。肛瘘直肠内和肛门皮肤外面两个口相通，大便从小洞里流出，成为肛瘘。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。