手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展；保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段。
雾化吸入治疗，有患儿因分泌物粘稠，阻塞呼吸道，加重呼吸困难，则可进行雾化吸入，增加湿度，稀释痰液，使分泌物易于排出，以减轻呼吸困难。对症治疗，发烧给予退热药，如果咳嗽、痰比较多，给予祛痰药，而咳嗽非常剧烈，会给予止咳、镇咳药。
高压氧治疗，高压氧能使氧气渗透到局部脑组织的能力增强，改善局部脑细胞的氧供，消除脑水肿，保护脑细胞，纠正局部脑组织缺氧等作用；手术治疗，适用于颅内出血达到一定程度，影像学检查下颅内有明显占位，造成患者昏迷或瘫痪的以及经过药物治疗，病情没有好转并且继续加重的患者。
治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有抗感染的治疗方法，选择敏感抗菌药物，静脉给药，待病情好转后改口服。
括约肌刺激法，在盆底肌肉保持完整，而无感染和肛门周围严重瘢痕，括约肌、提肛肌无严重纤维化者，可使用电刺激治疗，通过电刺激随意肌的锻炼，使无力的肌肉恢复功能；手术治疗，轻度肛管损伤，如肛管壁擦伤、轻度裂伤且污染较轻时，可局部行清创术。肛管损伤严重，若伤口深在，合并括约肌撕裂，可加做近端肠造口，不强求损伤彻底清创和一期修复。
免疫重建治疗，骨髓移植、胸腺移植及淋巴细胞注入等免疫重建疗法，在艾滋病的治疗中均有积极作用；中医药治疗，中医药治疗强调整体调节，辨证论治，其特点是毒副作用小，能提高机体免疫功能，有效改善病人的症状和体征。
