阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
出现阴茎短小的原因，可能是因为先天发育不良导致的，也可能是因为后天营养不良导致的。时候到医院检查一下，如果是符合手术要求的是可以做手术治疗的。如果勃起的长度大于8cm以上，这种不影响性生活，这样可以不用处理。
根据孩子的症状，应该属于假性隐匿性阴茎，有可能是先天发育异常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。对于孩子现在的情况，是不需要进行治疗的，如果青春期后还有隐匿性阴茎的症状，可以手术进行治疗，你家孩子要合理喂养，适当的补充维生素D。
这是可能的由于肥胖，导致皮下脂肪的很厚，这样阴茎的海绵体外露的部分就会相对的短一点的，还有救是肥胖脂肪就多，过多的脂肪就会造成雌激素的增高，这样就会导致雄激素的不足，是会影响阴茎的发育的。