巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢部位发生的一种病变，会出现腹痛和痛经，应及时到正规的医院检查和治疗，在治疗期间要注意少食辛辣食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。
巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿怎样食疗，巧克力囊肿损害女性卵巢正常功能，若不及时治疗很容易诱发不孕症出现，尽要治疗。巧克力囊肿多吃一些羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇等食物，对治疗进程有一定帮助。