肛瘘的检查比较复杂，诊断比较困难，首先要找到肛瘘的发生的部位，肛门的部位以点来计算，即把肛门看成一个时钟。肛瘘发生的部位，有开口的肛瘘，可以看到在肛门的几点钟发现外口，然后要摸清肛瘘的走向，在肛周可以摸到一个条索状的肿块。
肛肠疾病常规检查，肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出；探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置；染色检查：经瘘口注入美蓝，预置于肛门内的纱布染蓝，以确定内口的位置；瘘口碘油选影：了解瘘管的走向与范围。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
患有肛门脓肿的一般都可以用多普勒超声检查是否有肛瘘，它是可见的，到三级以上的正规医院做肛肠检查，可以做肛门指检查和肛门内窥镜检查，也可以进行局部彩色多普勒超声和CT检查，找出症状的原因治疗，必要时手术治疗。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。