自闭症可能是由生理因素形成，如神经机能发展，生化机能发展，遗传因素或脑部受损所致。妇女怀孕期间可能因德国麻疹或风疹，使胎儿的脑部发育受损而导致自闭症。新陈代谢疾病亦会造成脑细胞功能失调，影响脑神经传递信息的功能，因而造成自闭症。还有，在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成婴儿大脑发育不全，早产，难产，新生儿脑部受伤，以及在婴儿期患上脑炎，脑膜炎等疾病造成脑部伤害，都可能会增加罹患自闭症的机会。
有自闭症可以心理治疗：心理辅导在自闭症的治疗中是极其重要的，要注意帮降低自卑和孤僻心理，增强本病的信心和愿望；严禁打骂患儿，避免责备埋怨，积极鼓励和谈心沟通是较有效的方法。药物治疗：西药虽然见效快，但副作用大，很容易使孩子导致营养不良而影响骨骼的发育，停药后可能导致复发，长期服，会使对药物产生依赖。而中药则见效慢，治疗周期长，并且药物口感不好会导致孩子难以配合治疗。
孩子在出生时出现产生、宫内窒息、感染、中毒等，易导致患病。有经过对这类儿童的检查发现，15%-50%的患儿伴癫痫发作，有的伴有神经系统体征、躯体畸形等。像先天性风疹病毒感染、巨细胞病毒感染均可能与自闭症发病有关。
早期治疗：孤独症的实质的损害是认知障碍，表现在早期的分享性注意和扮演行为上。心里治疗：其业余活动面或活动内容也是有限制的，不会做建设性的决策或提建设性意见。
孤独症通常发生在儿童中，其诱发要素与通常遗传、分娩期、免疫、环境等要素有关，特别是与环境要素的影响以及儿童童年的成长经验有关。孩子引起自闭症，是因为小时候的不幸经验，或者受到了这种类型的伤害。教育和训练是治疗自闭症的方法，问题很严重，但是可以改善。
自闭症不是傻子，自闭症和傻子还是有明显的区别的，傻子主要是指智力低下，而自闭症的孩子主要是语言障碍和社会性知识缺乏。自闭症和傻子的区别还在于，自闭症孩子大多数都有良好甚至超常的记忆能力。表现在行为等方面的刻板。这些都是智力低下孩子所没有的，所以自闭症和傻子，是不一样的。