巧克力卵巢囊肿考虑以下几个原因：生理原因，女性的子宫内膜在生理周期到来时会剥落之后重新增厚生长，但是由于有些内膜不会离开而是在卵巢的位置淤积，淤积的内膜越多，使卵巢位置出现囊肿；内分泌因素：来例假时如果生气，则会导致例假结束，使垃圾排不出来，在卵巢里形成囊肿。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，因此被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。目前治疗此病分为两个大方向，一个是西医手术治疗，另一个是中医保守治疗。因此病为代谢性质的疾病，手术无法治好，即使手术，年龄小，复发的几率也特别大，此病由内分泌紊乱所致，的治疗方法就是中医保守治疗。
下卵巢巧克力囊肿的常见病因都有：内分泌因素；输卵管阻塞；性生活频繁；流产过多。卵巢巧克力囊肿，其实这是一种不仅影响健康，而且影响生育的疾病，而且卵巢巧克力囊肿是一种比较严重的卵巢囊肿，建议在患上之后一定要及时的就医治疗。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕等。如果很小暂时危害不大，很大就危害多，需要及时治疗，多注意休息，劳逸结合，避免不必要的检查，注意卫生。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕等，夫妻之间房事过多，这也是导致女性出现巧克力囊肿的重要原因之一。
巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。巧克力囊肿的病因有很多，遗传因素、免疫因素、炎症性因素、出血性因素均有可能导致巧克力囊肿，当前对巧克力囊肿的病因的研究已较为深入，但还未完全掌握。