卵巢囊肿一经确诊应尽快手术治疗，超过5㎝必须手术，否则随时都有可能发生破裂或蒂扭转的可能而危及生命，药物治疗无效，可以选择腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，不需要开腹不切出卵巢，可最大限度保留生殖器完整性及生育功能。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
多囊卵巢囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。
卵巢囊肿应该去正规的三甲医院治疗，不要去一些小的门诊或者是药店，卵巢囊肿治疗方法，只有卵巢囊肿非常严重了，才考虑手术治疗，如果是因为身体内分泌失调导致的卵巢囊肿，可以中医治疗。