肛周囊肿会出现红肿热痛四大症状，可以局部发热，也可以引起全身的发热，温度最高时可达到39度以上，会感到乏力，小便困难，大便困难，排便不尽感，便意明显。平时多注意喝水。
肛周囊肿症状主要表现为疼痛，根据脓肿位置不同，表现也有所不同。盆膈肌下方脓肿位置较浅，疼痛较重且为跳痛，影响行走和下坐。盆膈肌上方脓肿位置较深、疼痛较轻，多为胀痛。排便时疼痛加剧，可伴排尿困难。肛周囊肿症状还表现为寒战、发热、头痛、周身不适、脉速等。
肛周脓肿的特征是肛周持续性剧烈疼痛呈逐渐加重。去肛肠科检查。肛周脓肿一旦发生，只有手术才能完全好，而且是应尽快手术，避免感染蔓延，发生脓毒血症、败血症而危及生命。
这种病疼痛较重，有的甚至不敢行走或坐着，一般肛周会摸到硬块，肛周皮肤红肿，压痛明显。一般首选抗炎治疗，若抗炎治疗效果欠佳则建议行脓肿切开引流术，术后继续抗炎治疗，及时换药。有时脓肿还会自行破溃而形成肛瘘。
早期肛周囊肿症状有，硬结肿块，初期，肛门周围突起一硬结肿块，并逐渐增大，时间长了有的可自行破溃，疼痛为肛周脓肿常见的症状，为逐渐加重的持续性肿痛或跳痛。肛周脓肿病人，局部会出现红肿并伴有发热现象，常为低热，有时可出现高热。