精子畸形要对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。要戒烟酒，要达到饮食均衡。
如果是男性因为生殖道出现了感染，而导致了精子出现异常，这个时候应该进行抗感染治疗。如果是因为男性的内分泌出现了异常，就应该是调整自身的内分泌的功能。如果是男性不想进行长时间的调整，可以用一些裴尔科密度梯度离心法，对精液中的精子进行分离，通过这种方法可以找到形态正常的精子，再进行人工授精，这也是一个办法。
精子畸形大部分是先天性的，输精管的曲张，以及一些男性染色体方面的问题都可以导致，同时后天如果休息不好，常常熬夜，长期的抽烟喝酒以及受到辐射也会导致精子畸形，要到正规医院进行检查和治疗。
精子畸形可以使用裴尔科密度梯度离心法。对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，在进行人工授精。除减少烟酒危害、控制房事次数、保持阴囊适温、注意劳逸结合、加强身体锻炼外，还应注意生活环境，合理调整饮食。
引起畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可导致畸形精子增加，典型的是双头精子，影响精子的质量；使用激素或某些化学药物，可使精子发育不成熟；阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变。喝点中药，或者是吃点中成药，调理，都是可以的。锻炼身体，劳逸结合，避免烟酒刺激。其他，观察，放松心情，现在没有解决不了的问题的。
