目前治疗肛周脓肿比较好的治疗方法，是手术治疗配合抗炎药物，二者缺一不可，因为单用抗炎药物治疗，效果差，不能治好，而单纯的手术治疗，愈合比较慢，所以要把二者结合在一起才能快速治好肛周脓肿。
肛周脓肿起病急，症状明显，痛苦大，要想治疗肛周脓肿，只能通过手术的方法进行治疗。手术治疗主要采用抽脓减压、切开排脓的治疗方法，根据不同位置的肛周脓肿，采用不同的手术方式：低位脓肿－直接切开；马蹄脓肿－切开加旷置；高位脓肿－挂线术；高位脓肿-等压引流术，药物治疗：可以口服抗生素、使用外用药物或者内用药物进行治疗，主要起辅助作用。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿是很常见的疾病，是可以彻底治疗的，不过这通过保守治疗无法治疗彻底，会反复的出现复发。要想进行彻底治疗，就要进行手术处理，可以进行脓肿切开引流，术后按时的换药消毒，并且填塞油纱，预防伤口的皮肤先愈合，这样逐渐从脓肿腔的底部长平了，就能好了。
肛周脓肿是由复杂的原因引起的，直肠周围的钢管或软组织以及周围空间的细菌感染。还应该注意个人卫生。目前，注意个人卫生，少吃刺激性食物。还要养成一个良好的排便习惯。
肛周脓肿能完全康复。肛周脓肿的处理原则是切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿。脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。