脑炎的后遗症主要有：1、脑炎累及人体运动神经，引发运动功能障碍，导致四肢无力、活动能力受限的后遗症；2、脑炎发病部位本来就属于大脑，因此更容易损害大脑神经引发智力障碍；3、疾病累及语言神经，引发失语后遗症；4、眼球麻痹也是脑炎的后遗症之一，由于这种疾病也容易让视觉神经受损；5、脑炎也容易引发肌肉萎缩的后遗症。
科学的饮食有助于脑炎后遗症的康复，要多吃些高蛋白、高维生素的食物，如进食困难或不能进食者予留置胃管鼻饲饮食或静脉给予高价营养，以保证患者摄入足够的营养。
可以使用物理治疗。因为药物治疗不是主要的手段，常常作为辅助性对症应用。还可采用神经靶向综合治疗。有长期稳定的治疗效果，能够避免传统药物、手术矫正等不能从根源上修复神经元的弊端。
手术治疗：手术治疗在小儿脑炎后遗症患儿的临床治疗中占有重要的地位。在各种非手术治疗无效时,手术就成为重要手段。心理治疗：受病情影响，严重影响病情治疗，所以心理治疗很重要。
通常有中医药物治疗和手术治疗。如果患者稍微状况，则药物配合身体训练，可以缓慢恢复，但严重的患者应进行，手术治疗与康复训练进行结合。恢复时间则需要很长时间。