巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到好的治疗效果。由于巧克力囊肿其特殊的部位，所以药物的达到效果不是很好。在有生育需要的时候，尽量采取保守治疗方法。
巧克力囊肿如果不积极治疗，可能发生巧囊破裂，类似急腹症，逼迫病患急诊就诊。因此建议病患检查确诊巧囊及时治疗。巧囊有药物治疗和手术治疗两种方法，对于较大的巧囊药物治疗效果不好，而手术治疗可以祛除病灶的同事尽可能的保留卵巢功能。建议选择甲三级正规专业的医院，治疗效果有保证，更安全。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。