卵巢巧克力囊肿：饮食宜多吃具有抗肿瘤作用的食物：忌吃鲎、鳖、龙珠茶、腹痛、腹胀宜吃猪腰、杨梅、橘饼、核桃、栗子。出血卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。
巧克力囊肿不宜吃蜂蜜、桂圆、红枣、属于热性、凝血性和含激素成分的食物，时候后会使子宫肌瘤或巧克力囊肿病症加重。禁忌食物有蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。饮食上宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，配合囊-肿妇善枋贴。不宜常食刺激性、海产品等。适宜食物：牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
首先不要吃刺激性的食物如辣椒等，忌一切的寒凉食品。在行经期前后，生冷食物均要禁忌，可以进食热汤、菜等。对于过于肥厚的肉品，也要忌食。对于该病要控制烟、酒、咖啡、茶等的摄入，要避免油腻食物，包括肥肉、煎炸类食物等，另外要注意多喝水。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位引起的，属于良性病变。主要症状是月经期增大，有可能出现腹痛。日常饮食注意多吃些蔬菜水果，不要吃含有激素、生冷、刺激性的食物，期间需要禁烟禁酒。如果巧克力囊肿的体积比较小，暂时可以先观察。但是如果体积比较大，需要及时手术。
巧克力囊肿术后饮食，没有什么明显的饮食禁忌，对于新鲜的水果、蔬菜、鱼、虾、瘦肉、鸡蛋、牛奶均可以食用。但是对于比较特殊的食物，比如豆制品、豆浆、蜂王浆，尽量减少食用或者是不食用。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。如果有生育要求，要尽快的怀孕，因为子宫内膜异位症是引起不孕证比较重要的原因，所以随着病情的发展，不孕症的发病率会逐渐升高。卵巢巧克力囊肿做手术很容易复发，如果症状不是很严重，暂时可以保守治疗。