巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。
对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，确诊后宜立即手术，术后一般仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和种植病灶的产生。
可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否，完全，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
