巧克力囊肿如果不积极治疗，可能发生巧囊破裂，类似急腹症，逼迫病患急诊就诊。因此建议病患检查确诊巧囊及时治疗。巧囊有药物治疗和手术治疗两种方法，对于较大的巧囊药物治疗效果不好，而手术治疗可以祛除病灶的同事尽可能的保留卵巢功能。建议选择甲三级正规专业的医院，治疗效果有保证，更安全。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
可以根据自身出现的症状判断，发生卵巢囊肿多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块。以前不痛经者开始痛经或痛经持续加重。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
巧克力囊肿是一种比较常见的妇科疾病，多见于年轻女性。巧克力囊肿的患病原因很多。主要是由于子宫内膜异位所引起的。同时与外部因素、遗传因素也有一定的关系。因为巧克力囊肿早期并无明显症状，巧克力囊肿采取穿刺抽液术，虽然可以比较大的程度保留生育功能。是二次复发的风险也比较低。一般半小时内就可以解决了。