房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
首先需要积极遵医嘱进行治疗的，脑血栓的有可能和病人长期存在高血压，糖尿病，高血脂等一些原发性疾病有关系。治疗方面多需要用一些活血化瘀的药物，营养脑细胞的药物，还有一些降颅压等对症的药物来治疗。如果发现的及时，还属于血栓形成24小时以内，可以考虑是否进行溶栓的治疗，问题是需要根据的检查结果听取医生建议。
抽搐是脑血栓形成后引起的继发性癫痫的临床症状，脑梗塞后遗症可以长期使用（但要注意出血），如果有脑梗塞后癫痫可以给予抗癫痫药物，建议平时要积极控制引发脑梗塞的危险饮食如高血压，糖尿病，高脂血症，高同行半胱氨酸，抽烟，饮酒，少动，血液黏稠等。
脑血栓导致手麻木，这是正常的，因为血栓阻塞脑血管导致脑血管供血不足，导致神经支配神经功能减退，表现为神经支配区麻木和四肢无力。主要是改善循环，滋养神经，促进大脑功能的恢复。
如果症状体征较轻，仅表现为局灶性体症状和体征，比如偏瘫，偏盲，偏身感觉障碍，或头晕，恶心，平衡障碍，共济障碍。同时可给予醒脑静或复方麝香醒脑治疗。有高颅压可以应用甘露醇降颅压治疗。