进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
可以直接做肛门镜检查，就可以明确诊断，不必那么麻烦做结肠镜检查。结肠镜检查可以检查整个结肠和直肠以及回肠末段儿二十公分左右。检查的比较彻底，基本不会有遗漏，而且发现问题也可以直接取病理活检。
直肠镜检查可以分为有痛以及无痛，无痛是在静脉麻醉操作下进行检查，有痛肠镜在进行检查之前的前一天，应该叮嘱病人流质饮食，检查前的早晨口服硫酸镁以及甘露醇等量的盐水或者温水清洗肠道，排出清水样便之后可以进行检查。
肛门镜检查不能完全看到全部直肠的情况，因为直肠的长度大概12到15厘米，肛门镜也只能看到直肠的下段，如果想看到整个直肠的情况，可以做直肠镜或者乙状结肠镜检查，不过现在这些检查都比较少了，都用电子结肠镜检查来代替了，电子结肠镜可以看到整个大肠的情况。
有点痛苦，做之前先洗肠，就是把润滑剂从肛门灌进去，再排出来，起到清洁肠道的作用，再就是做检查，把一根大约直径2厘米的圆柱形软的镜子伸到肛门里面，观察一下肠道里面的情况。
