口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
临床所见口腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食、语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。其治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。可以采取局部药物治疗的方法：主要目的是消炎、止痛，促进溃疡愈合。
可以去内科进一步检查平时要注意保持口腔卫生，早晚刷牙，饭后用淡盐水漱口，平时要均衡饮食，合理搭配，补充多种微量元素，少吃辛辣生冷油腻刺激性的食物，多吃新鲜蔬菜水果。
口腔溃疡在综合性医院应就诊于口腔科，在口腔专科医院应就诊于口腔黏膜科，口腔黏膜科除了可以诊治口腔溃疡外，还可以诊治扁平苔藓、白斑、红斑、黏膜下纤维化、盘状红斑狼疮等疾病。