可采用高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。或腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形等，根据类型选择不同的手术方法。
治疗肛门闭锁的手术费用是1万-3万元。肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，由于原始肛发育异常，未形成肛管，致使直肠与外界不通。孩子肛门闭锁由于分类的不同所以手术的方式也是不同的，相对来说费用也会有差别。
根据类型选择不同的手术方法。如中间位无肛可行骶会阴肛门成形术。若是低位无肛未合并瘘管者或者瘘管极细无法维持排便排气者，可行会阴肛门成形术。并且在刚做完手术后也一定要注意观察，做好护理。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
根据各种不同的类型和合并瘘管的情况而定，采用不同的手术，一般采用骶会阴肛门成形，会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。手术后给予肠内营养，预防感染。