低位肛瘘指的是瘘管位置不穿过30%外括约肌的肛瘘，基本上是在肛周皮下的一些瘘管。除此之外，低位肛瘘还与肛门控便功能有关，很少引起肛门控便功能障碍的瘘管叫做低位肛瘘。
低位肛瘘与高位肛瘘症状是一样的，主要表现是肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。确诊是需要行肛门指诊或直肠镜检查，治疗是需要手术治疗的。
低位肛瘘不需要住院，属于小手术，不用过多担心。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，饮食要以清淡为主，不可以吃辛辣刺激性食物，应该听从医生的安排。简单低位瘘的手术方法大同小异，即将瘘管内外口全部切开，使创面完全开放，然后经过换药使创面达到恢复。
低位肛瘘属于肛瘘中治疗难度相对较低、愈合相对较快，远期治疗效果相对较佳的一种，大多需要在麻醉下行肛瘘切除术，术后需要遵医嘱定期复诊，伤口换药，使用抗菌药物治疗促进愈合。术后两周左右即可恢复。要注意肛门口卫生，便后及时清洗患处，避免吃辛辣刺激性食物。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。