肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。
肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘常见症状：排便障碍、肛门括约肌松弛、肛门短时间阵发性钝痛、肛周皮肤潮红。肛瘘的主要症状是，肛周皮肤上的外口常有少量的脓性分泌物排出，皮肤有湿疹和瘙痒等不适。如外口封闭无脓液排出后可呈假性愈合，一旦脓肿再次形成，局部又有红肿、疼痛。如脓肿大而深，则可伴有畏寒、发热等全身性感染症状。症状反覆发作是肛瘘临床表现的特点，肛瘘外口多有隆起的肉芽创面，按之可挤出少许脓性分泌物。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。