甲状腺炎的治疗方法，必须根据病因进行选择。
自身免疫性甲状腺炎目前没有明确的治疗手段。亚急性甲状腺炎可给予对症治疗的非甾体类抗炎药或激素类药物。甲状腺炎的病因不同，甲状腺炎的治疗，必须根据不同的病因选择。对于自身免疫性甲状腺炎，这一炎症是一个非常漫长的过程，目前尚无明确的治疗手段，所有治疗都针对炎症结果，而不是炎症本身。如果炎症没有明显的发热、颈部疼痛，最终炎症破坏会释放甲状腺激素到血中，产生甲状腺功能亢进症，但甲状腺功能亢进症可能是一个短暂的过程。最终炎症破坏后，大多数患者最终处于甲状腺功能下降的状态。
孕妇患有亚急性甲状腺炎，这在临床上很常见，需要根据病情程度口服药物治疗。
因为孕妇的用药有限，而亚急性甲状腺炎是一种自限性疾病。症状轻的人可以吃更多的蔬菜和水果，以确保适当的营养。高热患者可在医生指导下使用退烧药。同时，也可以结合中医，选择中药汤剂和口服，或应用一些传统的中医理疗等。
其次，在桥本甲状腺炎的甲状腺功能亢进阶段，可以根据情况选择抗甲状腺功能亢进药物。如果病情不严重，可以观察并暂时不使用药物，但严重的情况下，可以口服丙基硫氧嘧啶。
患甲状腺炎先去医院检查，经医生指导，做有关化验检查，进一步阐明病因。
若为急性化脓性之甲状腺炎，伴甲状腺局部肿胀，疼痛外，可出现发烧，在一定程度上可表现为权限方面的征兆，一般来说，这种甲状腺炎常被细菌或其他病原微生物所感染，寻找感染源并有针对性地处理。如果是慢性炎症的患者，主要表现为颈部和胸部疼痛，还会影响进食。如亚急性甲状腺炎，可合并甲状腺肿痛外血脂增高，重度病人可有全身发热，治疗方法需服用非甾体抗炎药，部分病人需加用糖皮质激素，由医生指导治疗，通常疗程约3个月可痊愈。
甲状腺炎发烧时可以选用相应药物治疗。
甲状腺炎症发烧时，可能是亚急性甲状腺炎或急性化脓性甲状腺炎。发烧时，可以选择非甾体类消炎镇痛药物。亚急性甲状腺炎可以使用糖皮质激素进行对症治疗。急性化脓性甲状腺炎需要抗生素对症治疗。急性甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，使用糖皮质激素治疗。根据血沉情况，调整药物剂量，待血沉正常后开始逐渐减量，总疗程6-8周。急性化脓性甲状腺炎不能使用糖皮质激素，但抗生素治疗无效时也可以考虑切开引流。任何甲状腺炎症均可通过甲状腺功能、甲状腺超声明确诊断。
桥本氏甲状腺炎是非细胞毒性淋巴细胞性甲状腺炎的另一名称。治疗可分为以下三种情况：
1、甲状腺功能正常时，可控制碘摄入量；
2、桥本甲状腺炎甲亢期有明显心悸、胸闷、畏热、多汗、脾气烦躁等甲亢症状，除低碘饮食外，还需内科治疗，如受体阻滞剂控制症状，严重甲亢需少量抗甲状腺药物
3、桥本甲状腺炎处于甲状腺功能减退期，需进行内分泌替代治疗，口服甲状腺激素片进行长期替代和补充。过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体明显增高时，可口服硒类酵母片进行对症治疗。长期桥本病应注意甲状腺功能低下的问题。
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