肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
治疗方法就是用手术治疗的，瘘管里是感染的，是不可能自愈的。只用手术治疗，将里面感染的部分清除掉，才能生长出新的组织才能愈合的，临床上肛瘘分为简单瘘和复杂瘘两种，每种肛瘘又分为低位瘘和高位瘘。简单肛瘘只有一个内口和外口，复杂肛瘘则有多个管道和外口。在专业领域里划分高低位肛瘘的原则主要是根据瘘管的走行确定的，瘘管超过肛门直肠交界处(又称为齿状线)为高位肛瘘，反之则称为低位肛瘘。避免辛辣刺激的食物。
肛瘘患者，有病应尽早手术，只有手术才能治好肛瘘，肛瘘是肛门周围脓肿的后遗症。肛周脓肿被医生切开引流或自行溃破后，脓腔逐渐萎缩变细而形成了一个管道，就是肛瘘。暴露在肛门外的瘘口叫外口，在肛管直肠内的则称为内口。内口实际上是最初感染的祸根，它常常位于直肠肛管交界处。正是由于内外口的相互贯通，所以常有分泌物或稀便自肛内溢出，这样一来，瘘管自然就不能自愈了。用药只是一时的保守方法，不能达到彻底治疗的目的。
其传统手术常见的有瘘管切开术、挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了，微创手术治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底的特点。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
疗肛瘘首先要明确肛瘘在那些部位，是单纯性或者复杂性肛瘘，才能明确治疗方案。目前常规的方式是手术疗法。目前有中西医结合治疗，药物压缩疗法治肛瘘不开刀，是一种较好的方式。至于要多少钱，不同的医院价格也是不一样的。