口腔溃疡的治疗主要是促进愈合，减少复发。促进愈合的治疗，主要有两个方面，一是预防感染，可以含漱抗感染的漱口水。二是促进黏膜修复，局部应用生长因子喷雾剂贝复剂，副作用较小效果好。特别是深大溃疡，长期不愈合的效果肯定；促进黏膜修复也可以局部应用激素，激素副作用较大，不能长期使用。减少复发，主要是西药调理免疫功能，中医中药辩证调理。局部减少创伤，防止形成溃疡。
蜂蜜可治疗口腔溃疡。效果甚好，且无痛苦。具体方法：晚饭后用温开水漱净口腔，用一勺蜂蜜敷在溃疡面处，含1一2分钟，再咽下，重复2一3次。第二天疼痛即减轻，连续治疗两天即基本就好了。口腔溃疡用筷子蘸蜂蜜一滴涂于口腔溃疡处，能在2小时内见效。一日数次，效果更好。
口腔溃疡的发生与免疫力低下，维生素缺乏感染有关，溃疡具有自限性，7-10天可以恢复，多吃蔬菜水果补充维生素，提高免疫力可以减少口腔溃疡的发生。反复发生的口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，不要吃刺激的食物。
患者不能够吃辛辣上火的饮食。应该到口腔科进行就诊，可以用一些腐蚀剂在局部表面麻醉的状态下进行相应的黏膜的烧灼，可以用50%的三氯醋酸点在溃疡面上，然后就能够使溃疡黏膜变白，使得蛋白凝固形成假膜，可以止痛也可以促进溃疡的愈合，这种方法还是比较快速的。
临床上只有创伤性溃疡可以快速被治疗，治疗前明确创伤因素进行对症治疗，才能使溃疡快速愈合。除创伤性溃疡以外，其他溃疡均属于慢性疾病，治疗时间相对较长，口腔溃疡也不例外。复发性口腔溃疡具有自限性和复发性的特点，即发病后7-10天可自愈，间隔一段时间后可再次复发。
口腔溃疡的病因复杂，存在着明显的个体差异，可能和自身免疫力或者维生素缺乏有关，局部治疗以消炎止痛防止继发感染，促进愈合为原则，可以自行贴止痛药膜，也可以局部麻醉下进行溃疡处涂药来缓解疼痛。