灰指甲患者出现疼痛症状时，应及时采取措施缓解疼痛，如药物治疗、日常护理等。
灰指甲是真菌感染引起的甲病，因为指（趾）甲上没有血管，也没有神经，所以灰指甲初期是不会感觉到疼痛的。但是随着真菌感染加深，累及甲床或周边组织，引发甲沟炎、甲床炎等并发症时，则可引起疼痛。炎症反应明显时，患者首先需要控制炎症的发展，可遵医嘱口服头孢克肟或阿莫西林等抗生素药物，有助于改善症状。之后可针对灰指甲进行抗真菌治疗，如外用亮甲复方聚维酮碘搽剂，其含有的聚维酮碘能释放出游离有效碘，可有效杀灭真菌，抑制其再生。阿司匹林则能分解产生水杨酸，可消炎、止痒，帮助缓解炎症反应引起的疼痛等不适；还可软化角质，增强药物渗透作用。坚持用药可改善灰指甲症状，促进新甲生成。
需注意，患者在用药时，还应保持指（趾）甲的清洁和干燥，避免进一步感染。同时，药物治疗应持续规范进行，直至真菌完全清除，以免病情反复。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
最严重的灰指甲,在治疗上应当口服结合外用抗真菌药物,这样可以缩短病程、增加疗效。患者可以口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物。一旦病情变得严重或者复杂，则应当及时治疗相应的并发症，比如女性如果因为感染真菌引起真菌性阴道炎，则应及时使用内服抗真菌药物及外洗法治疗阴道炎。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
严重灰指甲可以使用指甲锉去除病甲，外用药物消毒，直到新甲生成，同时还需要外用抗真菌软膏，严重还需要口服抗真菌药物，灰指甲的原因是由于真菌的不断繁殖感染引起的，因此应采用杀真菌的方法进行治疗。在治疗一周左右后会有显著改善。为了治好甲真菌病，有必要坚持服药和护理。
除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物，光动力治疗，利用光敏剂结合一定波长的红光进行照射，产生氧自由基等杀伤病原微生物，从而达到治疗目的。离子导入是利用低电流让局部药物更好的渗透进入甲板和周围的组织提高治疗疗效，但这种方法难以穿透甲板全层。
