治疗时间一般在三年左右，口腔苔藓的发生主要和精神状态压力过大，内分泌功能紊乱有关，对于扁平红苔藓需要及时的应用激素类药物进行治疗，如果不得不到及时的治疗，有可能会发生癌症变的危险。可以吃口服药来改善缓解症状，在平常的时候养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃口味较辣刺激的食物。
糜烂溃疡型病人应给予软食，忌辛辣刺激之物，如生葱、生蒜、海产品、牛羊肉等，忌烫食，应尽量较少对口腔粘膜的刺激，以有利于口腔扁平苔藓病人病情的迅速好转，加速愈合。有学者提出烟、酒、烫食、嗜酸辣、龋齿、牙齿不良修复体都可能是致病因素。口腔局部物理性损伤可能是口腔扁平苔藓的病因学因素，但不去除，对口腔扁平苔藓的治疗是不利的。宜多食新鲜蔬菜，水果。
轻微口腔扁平苔藓能自愈，但是自愈的病患很少，是因为口腔扁平苔藓病因及发病机制到现在尚不明确。要避免口腔接触任何刺激性食物，尤其要注意有医治效果的牙膏如果有刺激感，也不能用。
一般这个口腔扁平苔藓，严重的情况下就有可能会癌变，这个主要有可能会导致原位癌，有1%的可能会导致，具体多长时间就说不定，主要注意口腔清洁卫生，不要食用含有刺激性的食物，如果对于顽固性的，苔藓也可以尝试，冷冻或者激光来消除掉的。
没有特效药，口腔扁平苔藓的病因通常不清楚。人们普遍认为它是一种身体和精神疾病，即一种与精神有关的疾病，因为它容易使女性病人更年期。也有一些相关的研究，例如，它被认为与某些细菌的感染或其他疾病如肝炎和甲状腺炎有关。
如果局部症状比较明显就需要在进行药物治疗，可以局部用药，也可以全身用药。另外全身用药主要是应用免疫类药物，虽然扁平苔藓的病因并不明确，但免疫因素还是有很大的原因，所以对于口腔扁平苔藓应该尽早来治疗。