卵巢囊肿多数考虑是良性的病变，可以选择药物进行消炎，同时配合等一些活血化瘀的药物进行对症治疗，定期复查彩超，观察囊肿的变化。如果情况严重，必要时需要通过手术处理的。
如果目前囊肿比较小，不需要处理，可以三个月后复查看有无自然消失，或是被吸收的可能。生理性的囊肿无需手术.病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。复查;如彩色B超、X线检查、腹腔镜等.。
对于体积较小的卵巢囊肿，一般可以通过药物治疗来使其缩小或者完全消失。对于直径超过5厘米的卵巢囊肿，临床上一般会通过卵巢囊肿剥离手术来进行治疗，相信也是可以在极大程度上治疗好卵巢囊肿的。
产后42天有卵巢囊肿，主要是炎症感染导致的不适症状，不排除激素紊乱导致的生理性症状意见用活血化瘀、消炎的药物观察治疗，治疗过后在考虑手术切除治疗。多休息，适当在室内走动，保持奶水充足，但注意让奶别结住，用温开水冲洗外阴，预防感染。
卵巢囊肿巧克力囊肿对于年轻女性有生育计划者，巧克力囊肿直径大于3cm，应该做腹腔镜下囊肿剔除手术，对于恢复正常排卵，恢复正常受孕功能有很大帮助。直径小于3cm，症状轻微者，尽早怀孕，怀孕之后，体内孕激素水平升高，可以抑制异位内膜生长，病灶发生萎缩。
如果囊肿比较大需要在月经干净3到7天住院手术。如果没有超过五厘米的，可以用短效避孕药调理两个月再复查。如果囊肿比较小，可能问题不大，定期复查。如果有痛经，有可能不是单纯的卵巢囊肿，可能是巧克力囊肿，可能是子宫内膜异位症的一种，容易引起痛经的，囊肿伴有出血腹痛的也需要排除怀孕需要用早孕试纸测试。
