一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
囊肿并不算大对肝脏功能没有影响，不需要治疗，定期复查就行，一般直径达到5CM以上才需要考虑治疗。肝脏的囊肿是一种良性的病变，囊肿可以破坏正常的肝脏组织，需要结合囊肿的大小，部位，对肝脏功能的影响，确定治疗方案从彩超结果看。
肺囊肿治疗上可以先采用消炎、止痛类的西药治疗，或是采用些消炎、清热解毒类的中草药治疗。平常要求以清淡饮食为主，戒烟酒等。如果不忌嘴，有可能会导致肝功损害等。这种病通常不会有遗传性。