特发性肺纤维化通常有干咳和劳力性气促等临床表现。发作性的干咳及气促会随着肺纤维化的进展而加剧，病情的发展程度在不同的人群之间存在着显著的差别，在几个月到几年后会发展成呼吸衰竭和肺部疾病。发病后的平均生存期为2.8到3.6年，一般不会出现肺外的症状，但是会出现食欲减退，体重减轻，消瘦，无力等。体格检查显示呼吸速度较快，80%以上患者在两肺底部及吸气晚期Velcro啰音，20%到50%是指状指。后期会有呼吸衰竭、肺心病等症状。
肝纤维化的症状表现可有以下几种：食欲减退。食欲减退是肝纤维化常见的早期症状，有时伴恶心，呕吐等症状。疲乏无力。疲乏无力也是早期肝纤维化的重要症状表现。慢性消化不良。进食后上腹部饱胀、腹胀气、便秘或腹泻、肝区隐痛等。出血症状。出现鼻衄、牙龈出血、皮肤和粘膜有紫斑或出血点，女性常有月经过多等症状。
最主要的特点是硬下疳。硬下疳的特点是在哪个地方感染梅毒，即梅毒螺旋体从哪个地方钻进皮肤，就会有反应，刚开始是丘疹结节，最后破溃，形成溃疡。溃疡的特点是看起来很清亮，摸起来很硬，不觉得疼。
肝炎晚期会常常感到畏寒发热，体温在38℃左右，少数会持续高热好几天。更为突出的症状是全身疲乏无力、食欲减退、恶心、呕吐，尤其厌恶油腻食物，上腹部堵胀满闷，尿黄似浓茶水，大便较稀或便秘。
肝腹水是在肝病或者肝硬化的基础之上出现的，腹水的产生是由于肝硬化门脉高压引起的回流障碍或者低蛋白引起的渗出而导致的腹水。肝腹水很早期的病人可能没有任何感觉，腹水积累到一定程度之后，病人会有腹胀、难受、腿肿等表现。
巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。
