肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。
肛瘘是最为常见的肛肠科疾病之一，表现为反复的红肿疼痛。肛门附近有渗出，对病人的健康造成很大的影响，多见于肛周脓肿后。可以到肛肠科就诊，诊断明确以后需要及早手术，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，多运动，粗粮保持大便的软化，不能抽烟喝酒。
肛瘘当然需要治疗，而且治疗方法只有手术治疗，肛瘘有比较简单的低位单纯肛瘘和比较难的高位复杂肛瘘。低位单纯肛瘘往往做肛瘘切除术就可以治号，而高位复杂肛瘘则需要做肛瘘切开术或者肛瘘挂线术。
