慢性扁桃体炎的病因主要在于：慢性扁桃体炎时，隐窝内上皮坏死脱落，细菌及炎性渗出物聚集其中，隐窝可产生小溃疡及瘢痕形成而引流不畅，适于细菌生长繁殖，故感染不易消除。屡发急性扁桃体炎，使机体抵抗力降低或治疗不彻底，则更易转为慢性。本病发生机理尚不清楚，但近年来基于免疫学的观点，认为自身变态反应为引起慢性扁桃体的重要机制。

发病机理改变：按其发病机理变化，可分三型。

1.增生型   多见于儿童。扁桃体淋巴组织增生，淋巴滤泡增多，结缔组织增加，扁桃体慢性充血、肥大。

2.纤维型   多见于成人。扁桃体淋巴组织萎缩，间质内纤维瘢痕组织增生，隐窝口阻塞，扁桃体变小而坚韧。

3.隐窝型   主要病变深居扁桃体隐窝内，淋巴滤泡呈慢性炎症，淋巴组织瘢痕化。由于隐窝口被瘢痕组织阻塞引流不畅，以致隐窝明显扩大，或有大量脱落上皮、细菌、淋巴细胞和白细胞聚集形成脓栓。因病情重易产生并发症，又称慢性脓毒性扁桃体炎。

急性舌扁桃体炎的病因发病机理初为上呼吸道感染症状，如咽干、异物感、灼热及咽痛等。疼痛逐渐加重，多以舌根部一侧或两侧更为明显，严重者可放射至耳内引起剧痛，亦有因疼痛影响进食及咽下困难。病人呈急性病容，偶有高热。

检查见咽粘膜急性充血，咽及口腔内较多粘液性分泌物，舌根部淋巴组织呈颗粒状高起、充血、肿胀，与扁桃体下端相连，严重者局部有溃疡及脓性分泌物附着，并可发生舌根部脓肿。