鼻窦炎的发生与感染性鼻炎（感冒)密切相关，多由病毒引起,病毒感染致鼻粘膜上皮损伤，损伤的上皮细胞膜对中性粒细胞有趋化作用，因此化脓性鼻窦炎的脓性分泌物可由病毒感染或继发细菌感染引起，在慢性炎症的刺激下，易形成鼻窦粘膜肥厚、息肉或囊性变影响鼻窦引流，加重鼻窦感染，并形成恶性循环。 

慢性鼻窦炎也常因上呼吸道感染而引起急性发作。鼻息肉好发于鼻窦内，尤其是筛窦，形成鼻窦息肉（PNS)的概念。因此慢性鼻窦炎的发生与鼻息肉的形成有相似的免疫机理，在鼻窦炎的慢性炎症中引起上皮基底膜的增厚和成纤维细胞增殖，产生细胞因子，促进肥大细胞成熟及脱颗粒反应，嗜酸、嗜中粒细胞浸润造成上皮损伤，刺激第三自主神经末梢释放P物质，加重炎症反应。小儿鼻窦炎的发生率较高，与反复的上呼吸道感染及免疫功能低下IgG2减少及γ球蛋白缺乏症等因素有关。原发性纤毛运动障碍综合征（kartagener综合征)伴有反复发作的鼻窦炎。纤维囊性病患者常伴有鼻窦炎合并鼻息肉，其基本缺陷为上皮细胞表面水份和电解质运输功能障碍。