气管镜在呼吸系统疾病的应用非常广泛，几乎可以用于呼吸系统所有疾病的诊断。如感染性疾病肺炎、肺结核的诊断，肺部肿瘤性疾病的确诊，以及肺部免疫性疾病，如结节病等疾病的确诊。通常对于感染性疾病，临床上难以确诊的情况，可以行支气管镜检查，通过肺内感染部位的活检、灌洗以及毛刷等确定病原菌。特别是肺结核，在支气管镜下，有奶酪样坏死的表现，临床通过支气管镜容易确诊。
普通气管镜检查是确诊气管，段支气管，叶支气管腔内，腔外和支气管本身病变的检查，通过气管镜检查，行各级支气管腔内良恶性肿瘤的活检取材，取得病理学诊断。明确病变的性质。还可经气管镜淋巴结穿刺术，取得气管，支气管腔外的组织或者淋.巴结的活检取材，确诊病变的性质和肿瘤的分期。另外气管镜检查还可以通过防污染毛刷检，肺泡灌洗，确诊支气管和肺部感染性疾病的病原体，确诊真菌，结核等特殊感染性疾病。
气管镜检查需要八分钟到20分钟左右，气管镜检查是将比较细长的一根管子，从病人的嘴里或者鼻腔进入气管和支气管以及更远端，直接观察气管和支气管的病变，甚至可以根据病变进行相应的检查和现场治疗。
做气管镜检查的时候，会有一定的不适感，但是，针对这种不舒服的感觉可以采取局部麻醉，使声门及会厌部的不舒适感减退，如果仍无法耐受时，也可采取全身麻醉后再做气管镜检查。
支气管镜一般是检查支气管肺部相关的疾病，支气管镜检查不明原因的咳血，慢性咳嗽，患者不明原因的声音沙哑者，不明原因的横膈上升，是诊断急性慢性支气管炎，支气管结核，气管支气管狭窄，怀疑有支气管瘘的诊断，并诊断弥漫性肺部疾病的重要步骤。
支气管镜常见的检查原因是病人有不明原因痰血，不明原因咳嗽。通过支气管镜来做相关检验，支气管镜的检查适用范围很多。还有不明原因的纵隔淋巴结肿大，即淋巴结活检。还有肺部的感染，通过支气管镜灌洗液做病原学检查，明确它的病原，查明病因，可以对症下药，根据感染的病原，相应用抗病原的药物。