治疗的方法有可以通过手术而获得良好的预后效果，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。还有原则治疗的方法，腭裂的治疗是一个复杂的过程，需要口腔颌面外科、整形外科，口腔正畸科，语音训练科，精神及心理科等多方面的专家共同协作才能取得满意的效果。
治疗的方法有手术方式治疗的方法，选用既可有效恢复腭裂患者语音，又对上颌骨生长影响作用轻的手术方法。还有原则治疗的方法腭裂的治疗是一个复杂的过程，需要口腔颌面外科、整形外科，口腔正畸科，语音训练科，精神及心理科等多方面的专家共同协作才能取得满意的效果，
可用以下方法治疗。对症治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。动脉岛腭瓣手术治疗：大多选择在患儿3-6岁之前进行治疗。唇裂修复手术治疗：一般单侧唇裂修复手术在患儿3-6个月进行，而双侧唇裂手术多在6-12个月左右进行。
可用以下方法治疗。腭裂整复手术：利用裂隙邻近的组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。也可用改良兰氏手术治疗。动脉岛腭瓣手术治疗：大多选择在患儿3-6岁之前进行治疗。
治疗方法如下。改良兰氏手术治疗：在松弛切口内扪出钩突，用凿将钩截断，使在钩突上面滑行腭帆张肌失去紧张软腭的能力；之后用一弯剪自裂隙切口插直硬腭后缘，使软硬腭分离；最后将两个粘骨膜瓣，分三层仔细缝合。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。
可用如下方法。改良兰氏手术治疗：在松弛切口内扪出钩突，用凿将钩截断，使在钩突上面滑行腭帆张肌失去紧张软腭的能力；之后用一弯剪自裂隙切口插直硬腭后缘，使软硬腭分离；最后将两个粘骨膜瓣，分三层仔细缝合。手术治疗：利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。