常见的导致精子畸形的原因主要是泌尿生殖系统的疾病，比如尿路感染，精索静脉曲张，睾丸炎等，这些病因只要能够得到很好的治疗，精子畸形的情况就能够得到恢复，形成正常的精子。生活方式不健康也是导致精子畸形的一大原因，现在人的生活方式及不健康，长期熬夜，大量饮酒等。
泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可影响精子的质量，阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变，使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射。
引起精子畸形的原因有很多，精子的形成主要是在睾丸内形成，并且受到体内内分泌激素的调控，当体内的雄性激素水平降低时，容易引起精子活力下降，精子产生畸形。另外如果造成精索静脉曲张引起的睾丸淤血，使得睾丸缺血，缺氧也会引起精子畸形增高。泌尿生殖道的感染，也是引起精子畸形的常见原因。先天性的隐睾，由于睾丸的环境发生变化，也是造成精子畸形的原因。
精子畸形率高的原因有酗酒吸烟会导致精子畸形，泌尿生殖系统感染，是造成精子畸形的一个主要的原因，内分泌紊乱化学制剂环境污染以及辐射等因素，都很可能会造成精子畸形的发生。
一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到曲细精管内精子的生成过程，导致精子畸形率升高。当患有精索静脉曲张的时候，常可导致精子发育异常而致畸形，如不成熟精子或尖头精子等。泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。