通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
腱鞘囊肿是发生于关节部腱鞘内的囊性肿物，腱鞘上的结缔组织因局部营养不良，发生变形形成囊肿。在临床上还没有显示该类病症会使人消瘦，所以不必担心。消除腱鞘囊肿的方法有很多，一类是手术法，见效快，复发概率小。一种是挤压法，用手将囊壁挤破，囊内液体流到皮下，使其自行吸收，但复发概率大。还有一是自行退去法，就是让他自行消退，但是速度慢。
眼底囊肿应该注意休息，保持心情愉悦，注意用眼，特别是手机，电脑，一定要控制，多看远处，绿色的植物。多运动，比如跑步，多吃降火的食物，比如绿豆汤，去正规医院的眼科检查一下。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
怀孕有囊肿要根据怀孕的周期和囊肿变化情况选择不同的处理方式。
若孕早期检查B超时发现有卵巢有囊肿，通常建议观察为主，因为囊肿大部分是生理性的黄素囊肿，一般在怀孕3个月左右自然消失。若3个月后检查发现囊肿在逐渐变大，则建议等到怀孕4个月左右进行手术治疗，因为怀孕4个月左右胚胎较稳定，此时进行手术相对安全，及时手术能够有效避免卵巢囊肿扭转或恶变。
