鱼腥草泡水喝的副作用有，虚寒症和阴性外疡者不宜食用，也不宜长期食用，会有损阳气，让体质变得虚弱，鱼腥草毒性很小，食用后有鱼腥臭味，对阴道粘膜有一定的刺激性，鱼腥草具有清热解毒、利尿除湿、清热止痢、健胃消食等症。
鱼腥草的副作用主要有，鱼腥草口服以后会有鱼腥臭味，肌注时局部会出现疼痛。对阴道粘膜有一定的刺激性。鱼腥草注射液还可以引起过敏反应，表现有药物性皮炎、末梢神经炎、过敏性紫癜等。严重者会引起过敏性休克。禁忌注意，在使用鱼腥草时不能食用折耳根，尤其是过敏体质的人最好不好多吃，避免吃了之后出现日光性皮炎。虚寒体质以及没有明显的红肿热痛的阴寒疔疮肿疡者也不要吃。
复方鱼腥草片为糖衣片，除去糖衣后显棕褐色；味微涩。疗效好能改善患者全身状态，复方鱼腥草片是一种中成药，副作用较小。复方鱼腥草片主要的副作用是对胃肠道有一定的刺激作用，但是对身体影响不大。患者可以放心选用。
鱼腥草性味苦寒，具有清热解毒、消肿排脓的作用，泡水喝一般是起清热解毒的作用，副作用是其性味苦寒，脾胃虚寒之人不宜服用，平人也不宜久服，苦寒之药容易败胃、容易伤阴。
鱼腥草有一定的消肿排脓、利尿的功效。对于一些火热淤积或者小便短赤有很好的辅助治疗作用，但是因为鱼腥草本身属于一种寒凉性质的药材，吃多之后很有可能会导致腹痛、腹泻，或者导致寒凝胃肠引发胃肠刺激症。所以少量食用，一旦出现不舒服的症状，立刻停止饮用鱼腥草水。
