一般情况下，卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。具体分析如下：
卵巢囊肿包括生理性囊肿，还有卵巢巧克力囊肿、畸胎瘤、黄素囊肿等病理性的囊肿。只有卵巢巧克力囊肿是由子宫内膜异位所造成的，它会伴随着女性来月经的次数而逐渐增大。因此卵巢囊肿通常不是子宫内膜异位。患者出现不适症状，应该及时就医检查，根据检查结果对症治疗。
主要症状：下腹不适感，腹围增粗腹内肿物，腹痛，月经紊乱，压迫症状。若在妊娠3个月内发现患有卵巢囊肿，进行处理时容易引起流产，如果妊娠期间发现患有双侧卵巢囊肿，在手术处理中若触动子宫。
女性如果是在排卵以后，或者月经来之前检查彩超发现有右侧卵巢囊肿，而且又没有任何腹痛表现，就要考虑是不是生理性的黄体囊肿，通常这时候就可以考虑在月经干净以后再次复查彩超看一看囊肿变化情况，如果右侧卵巢囊肿考虑是炎症刺激导致的炎性囊肿，通常就需要考虑使用消炎药来进行消炎止痛治疗，如果是普通的卵巢囊肿而且小于五公分以下，可以不用进行特殊的处理治疗，如果大于五公分以上就需要考虑手术切除囊肿。
可以通过用相关的中药调理的方式进行治疗，中药治疗的性能比较稳定，通过水煎内服方式，更能充分的发挥药效，起到散结消肿的作用。卵巢囊肿不要手术治疗，手术治疗的费用比较高，主要是怕术后的感染和复发的症状，囊肿的治疗还与囊肿的性质和大小有关。
子宫内膜异位症并不是卵巢囊肿，卵巢囊肿属于肿瘤，子宫内膜异位症是子宫内膜长到了子宫以外的地方，多是长到卵巢，也叫巧克力囊肿。卵巢囊肿手术切除分良恶性，子宫内膜异位根据生长的部位治疗也是不一样的。
子宫内膜异位卵巢囊肿4.3和3.5不需要手术，若卵巢囊肿有增多，瘤体超过5厘米，及时的做手术彻底的治疗，少食辛辣口味刺激及寒性的食物，要注意营养的丰富和健康，注意休息。