通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
子宫腺肌症和卵巢巧克力囊肿是存在子宫腺肌病，都会出现进行性，激进型性的这种痛经，所以说没有什么好的办法，还可以服用药物，也可以通过手术治疗，平时在家里也要注意饮食方面的规律，保证充足的睡眠。
子宫腺肌症和巧克力囊肿不一定要行全子宫切除术。应该根据病人的症状，年龄和生育要求而定。子宫腺肌病病人，主要表现为经量过多，经期延长和逐渐加重的进行性痛经。而卵巢的巧克力囊肿属于子宫内膜异位囊肿，其原因为子宫内膜异位到卵巢组织内。情况不严重可以使用药物治疗。
卵巢巧克力囊肿与子宫腺肌症有关，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的，子宫肌瘤可能和内分泌有关.。主要是治疗方法有药物治疗和手术治疗两种，其治疗原则是，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
可以好，还是及时就医诊断，谨遵医嘱治，一般是需要服用止血药的。这种疾病还是手术治疗为好。这种治是会不会影响的，针对局部性的子宫腺肌，只要进行手术切除就可以了。