治疗或者预防便秘或腹泻发生；增强人体的机体免疫力；促进营养物质吸收；防止泌尿生殖系统感染；降低胆固醇；预防骨质疏松；益生菌如果是含有乳杆菌，可以治疗乳糖不耐受症。
益生菌是肠道中的一种必需的有益细菌，主要作用是改善腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏，益生菌在一定的程度上也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。益生菌还可以产生各种消化酶，并且能够缓解由于饮食不当或者有长期运用抗生素导致的菌群紊乱等。
肠道功能紊乱吃益生菌的好处有以下几点：
益生菌是一种对人类有益的微生物，具有良好的保健作用，可以促进人体的微生态系统的调节，增强机体的免疫力。服用益生菌可以在胃部的壁上起到保护作用，防止细菌进入，同时还可以调节肠胃的机能，缓解拉肚子、肚子疼、便秘等不适。在使用时，不宜将水温调高，否则会影响活性细菌的作用。
肠道功能紊乱吃益生菌是否有用，需根据具体情况进行判断，具体内容如下：
如果是细菌感染引起的肠道功能紊乱，可以口服益生菌，帮助调节肠道内的菌群，缓解不适症状。但如果是由于肠易激综合征、植物神经紊乱等疾病引起的肠道功能紊乱，口服益生菌并不能起到治疗作用。需要及时就医采取相应的药物进行治疗，避免病情拖延导致症状加重。
长期吃益生菌的后果是容易过敏，反复感染，尤其出现反复胃肠道感染以及消化不良等，肠道的微生态系统不太正常，也应该补益生菌，作为大一点的小孩或者肠道微生态系统还比较好，也没有相应临床症状，则没有必要长期补益生菌。
通常情况下，肠道功能紊乱吃益生菌的好处如下：
第一种，可以维持肠道的正常功能，可以维持肠胃中的正常菌群的生长，同时也可以阻止肠中的腐败物质的生成，从而保证肠道的正常运转。
第二个是提升身体的免疫力。益生菌对人体的免疫系统有一定的影响，从而引起人体的免疫功能。
第三个是降低胆固醇，它能抑制人体对胆固醇的吸收，从而达到减肥的效果。第四种，可以有效地控制癌细胞的生长，防止糖尿病的发生。