阴茎上长痘痘可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。
1.生殖器疱疹：生殖器疱疹一般是由单纯疱疹病毒感染肛门生殖器皮肤黏膜所致慢性复发性的性传播疾病，患者的生殖器常会出现水疱、溃疡等情况，患者如果患上了此疾病，阴茎上不仅会长有痘痘，还可能会伴随出现瘙痒、烧灼感等不适。患者可以按照医嘱使用阿昔洛韦分散片、盐酸伐昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物进行治疗。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，以疣状增生为特点的性传播疾病，患者在患病初期生殖器周围通常长有单个或者多个散在的淡红色小丘疹，患者可能被人乳头瘤病毒感染，进而导致阴茎上长有淡红色小痘痘，还可能会伴随出现灼痛、刺痒等不适。患者可以按照医嘱使用咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏、鬼臼毒素软膏等药物进行治疗。
阴茎上长痘痘可能是毛囊炎引起的症状，因为病人不注意卫生，分泌物经常堵塞毛孔。平时要注意个人卫生，保持局部干燥清洁，用一些药外敷进行针对性的治疗。治疗期间，应注意不要吃辛辣刺激的食物，以免刺激其他炎症。
男人阴茎上长了小疙瘩，需要考虑生殖器疱疹的可能，由单纯疱疹病毒（HSV）感染所引起，其次需考虑梅毒、尖锐湿疣及肿瘤等疾病，可以考虑到医院做个抽血检查确诊，建议不要饮酒，多吃富含维生c、蛋白质丰富的食物，有助于疾病的康复，可以考虑采取服用抗病毒治疗。
主要有可能是由于局部感染炎症而出现的痘痘，并且还会出现疙瘩，周围出现有疼痛发红，首先注意局部皮肤的清洁卫生，暂时不要吃辣椒，大蒜，韭菜等食物，还可以配合口服药物，具体用药，谨遵医嘱。
阴茎上长了痘痘，如果痘痘伴有一定的疼痛或者是红肿的现象，可能是局部的毛囊炎，皮脂腺炎等引起的，这是因为有感染。如果痘痘没有任何的症状，而且质地比较坚硬，这可能是尖锐湿疣。也有可能是皮肤纤维瘤。
到大型专业医院治疗，阴茎上有小痘痘是典型的包皮龟头炎的症状，包皮龟头炎是指包皮内板与阴茎头的炎症。正常包皮腔内分泌的一种类脂物质，在包皮过长或包茎时，此类物质可积聚成包皮垢刺激包皮和阴茎头引起包皮龟头炎。建议：西医治疗的基本原则是消炎杀菌.一般是内外并治。