目前没有能够彻底治疗人类乳头瘤病毒感染引起扁平疣的特异性抗病毒治疗方法，主要方法有局部破坏性治疗，包括冷冻治疗、激光治疗和电切除等，局部的细胞毒疗法，包括鬼臼毒素和5-氟尿嘧啶等。此外还有局部免疫调节。
扁平疣1-2年，扁平疣分布面积小，颜色与肤色接近或略显深色。3-6年，扁平疣分布面积逐渐增大，颜色成浅咖啡色或深咖啡色。6年以上，扁平疣颜色成灰褐色，表皮有角化不全和角化过度，颗粒层可增厚，乳头瘤样增生，真皮乳头增宽，呈外向型生长。
扁平主要是因为人乳头状瘤病毒感染，免疫力低接触了疣体病毒引起的，发病率比较高，常见于面部和手背等暴露部位，多无自觉症状，可采用激光，冷冻治疗，治疗后要注意护理，避免感染，不要吃辛辣刺激性大的食物。
可以进行物理治疗，包括冷冻疗法，还有激光治疗。也可以外用相关药物进行涂擦的，另外也是可以选择口服药物治疗。同时在这期间需要注意饮食要以清淡为主，最近不要吃辛辣的食物。
扁平疣属于病毒感染引起的，有可能跟怀孕之后免疫力下降被感染了这种病毒，另外跟别人共用洗浴用品也有可能会被感染，不影响怀孕，可以要孩子。数量少的可以液氮冷冻治疗或者激光打掉。